环二腺嘌呤核苷酸信号系统及其在口腔细菌致病机制中的研究展望
程兴群, 徐欣, 周学东, 李雨庆
口腔疾病研究国家重点实验室 国家口腔疾病临床医学研究中心 四川大学华西口腔医院 成都 610041
[通信作者] 李雨庆,副教授,博士,Email:liyuqing@scu.edu.cn

[作者简介] 程兴群,博士,Email:chengxq2007@163.com

摘要

环二腺嘌呤核苷酸(c-di-AMP)是在继环腺嘌呤核苷酸(cAMP)、四(五)磷酸鸟嘌呤核苷((p)ppGpp)、环二鸟嘌呤核苷酸(c-di-GMP)后新发现的一种第二信使分子,在细菌和支原体中广泛存在。c-di-AMP调控细菌多项生理活动,如细胞周期、细胞壁稳定性、细胞形态、刺激宿主免疫反应以及应对外界环境胁迫等。本文总结了信使分子c-di-AMP自发现以来的研究进展,这些信息可丰富对c-di-AMP调控作用的全面理解。同时,生物信息学分析发现在口腔常见细菌(如变异链球菌和牙龈卟啉单胞菌等)基因组中均存在编码c-di-AMP合成酶的基因,对于这一类基因的功能研究将为深入认识c-di-AMP信号系统在口腔细菌致病过程中的潜在作用提供重要线索,并为研究其在口腔细菌致病性中的调控机制开辟新天地。

关键词: 环二腺嘌呤核苷酸; 口腔细菌; 信号传递; 致病机制
中图分类号:R781.4+2    文献标志码:A       doi: 10.7518/gjkq.2017.06.005
Research progress on cyclic di-adenosine monophosphate signaling system and its potential role in oral bacterial pathogenesis
Cheng Xingqun, Xu Xin, Zhou Xuedong, Li Yuqing.
State Key Laboratory of Oral Diseases & National Clinical Research Center for Oral Diseases & West China Hospital of Stomatology, Sichuan University, Chengdu 610041, China
Abstract

Cyclic di-adenosine monophosphate(c-di-AMP) is a new signal nucleotide, widely distributed among bacteria and archaea. c-di-AMP plays an important role in the regulation of cell growth, cell wall homeostasis, interaction with host immune system and stress response. Bioinformatic analysis revealed that many oral bacterial genomes could encode the c-di-AMP synthase gene. Here we provide an overview of the synthesis and regulation of c-di-AMP in bacteria, highlighting the currently identified receptor proteins and pathways that are directly or indirectly controlled by c-di-AMP, as well as the recognition of c-di-AMP by the eukaryotic host. This review can serve as an important reference for future research of the c-di-AMP signaling system in oral bacteria.

Keyword: cyclic di-adenosine monophosphate; oral bacteria; signaling transduction; pathogenesis

继环腺嘌呤核苷酸(adenosine monophos-phate, cAMP)、四(五)磷酸鸟嘌呤核苷(gua-nosine tetraphosphate/five phosphate, (p)ppGpp)和环二鸟嘌呤核苷酸(cyclic di-guanosine mono-phosphate, c-di-GMP)之后, 学者发现了一种新的环核苷酸第二信使分子环二腺嘌呤核苷酸(cyclic di-adenosine monophosphate, c-di-AMP)(图1), 该分子在细菌和支原体中广泛存在, 可调控细菌多项生理活动, 成为近年来一个重要研究热点。本文总结了信使分子c-di-AMP自2008年被发现以来的研究进展, 包括其发现和分布、合成和降解、靶蛋白以及在多种细菌生理活动中的调控作用。这些信息可促进对c-di-AMP调控作用的了解, 为进一步深入认识c-di-AMP信号系统在口腔细菌中的潜在角色提供重要线索。生物信息学分析发现, 变异链球菌、牙龈卟啉单胞菌等常见口腔致病菌含有编码c-di-AMP合成酶的基因, 有望为深入研究c-di-AMP信号系统在口腔细菌中的调控机制开辟新天地。

图 1 c-di-AMP分子结构Fig 1 The molecular structure of c-di-AMP

1 c-di-AMP的发现及分布

2008年, 德国路德维希-玛克西米利安大学(Ludwig Maximilians University)Karl-Peter Hopfner研究团队在枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中意外发现一种新的环式核苷酸第二信使分子c-di-AMP[1]。这是首次在有生命的细胞中发现c-di-AMP, 在此之前, 其只能通过化学方法合成[2]。枯草芽孢杆菌DisA是染色体上扫描DNA双链断裂的一种非特异性蛋白质[3], 其晶体结构是一个八聚体, 由3个部分组成:与DNA相连的C端, 中间的螺旋结构, 以及N端功能未知结构域(domain of unknown function, DUF)147。进一步探索发现, DUF147具有二核苷酸环化酶活性, DisA可借助此结构域将三磷酸腺苷(adenosine triphosphate, ATP)转化为c-di-AMP, DUF147遂被命名为二腺苷酸环化酶(diadenylate cyclase, DAC)[1]。在DAC周围还有许多其他的功能未知结构域, 推测这些结构域可控制DisA的信号输入和输出, 提示c-di-AMP可应答多种刺激, 在不同的细胞活性中发挥重要作用[4]

DAC结构域在革兰阳性和阴性细菌及支原体中广泛分布, Pfam蛋白质数据库(http://pfam.janelia.org/family?entry=DUF147& type=Family)显示275个物种的332种蛋白质都包含了由120个氨基酸序列组成的DAC结构域。这些物种不仅包括大多数细菌门(α 菌、β 菌、Gammaproteobacteria除外), 还包括广古菌门(Euryarchaeota), 说明c-di-AMP是一种古老的信号分子, 在细菌生理活动中可能具有不可忽视的作用[5]

目前, 研究者已在多种微生物中证实了c-di-AMP作为第二信使分子的角色, 包括枯草芽孢杆菌[1, 6, 7, 8]、单核增生李斯特菌(Listeria monocyto-genes[9, 10, 11]、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus[12]、肺炎链球菌(Streptococcus pyo-genes[13]、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuber-culosis[14, 15]、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis[16]及伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi[17]等。

2 c-di-AMP的合成与降解

DAC结构域以ATP、二磷酸腺苷(adenosine diphosphate, ADP)为底物合成c-di-AMP[14](图2)。

图 2 c-di-AMP的合成和降解Fig 2 The synthesis and degradation of c-di-AMP

缺乏DAC结构域的细菌(如大肠埃希菌)无法自身合成c-di-AMP。某些细菌则具有2个或2个以上DAC结构蛋白, 如枯草芽孢杆菌拥有3个DAC结构蛋白:DisA, YbbP, 以及YojJ[4]。DisA由盐压力反应σ 因子SigM调控[18], 产孢早期菌体内约50%的c-di-AMP由此蛋白质合成。YbbP可能是膜蛋白, 又被称为CdaA, 是cda-glm操纵元件的一部分, 与细胞壁代谢相关, 也是碱诱导调控分子SigW家族成员之一[19]; 细菌双杂交实验已证实它与YbbR蛋白存在相互作用[20]。YojJ可能是一种溶解性蛋白质, 其调控机制与前两者不同[20]。这3种蛋白质位于细菌内不同位置, 所受调控网络完全不同, 在不同的环境刺激下发挥不同作用。Witte等[1]在构建海栖热袍菌(Thermotoga maritima)的DAC结构域晶体结构时发现, 与c-di-AMP合成密切相关的功能位点是DGA和RHR。Bai等[14]在结核分枝杆菌中证实, 与ATP直接相连的部位是位点RHR, 它与DAC的活性密切相关; 在碱性pH中, DAC活性高于在酸性环境中, 且其活性依赖于二价金属离子(如Mg2+、Mn2+、Co2+)。

2010年, Luo等[7]首次发现单核增生李斯特菌可分泌c-di-AMP到宿主细胞细胞质内。野生型单核增生李斯特菌培养液的上清液中c-di-AMP浓度为18 nmol· L-1; 当多药外排泵过表达时, c-di-AMP浓度增加到53 nmol· L-1。随后, 在枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌的细胞质提取物中分别检测到c-di-AMP浓度为1.7和2.1 μ mol· L-1; 在gdpP敲除株中, c-di-AMP浓度增加4~15倍[6, 12]。Burhenne等[21]发现, 可用反相液相色谱-质谱/质谱来准确量化菌体内c-di-AMP的产量。Zheng等[22]发现, 利用2 μ mol· L-1 btDisA、10 mmol· L-1 ATP、10 mmol· L-1 MgCl2、100 mmol· L-1 2-(环己胺基)乙烷磺酸[ 2-(cyclohexylamino) ethanesulfonic acid, CHES](pH =9.5)反应体系(50 ℃, 4 h), 可得到较高质量的c-di-AMP。体外合成的c-di-AMP可应用于生化反应、免疫反应等。

YybT是可分解c-di-AMP的蛋白质, 是一种跨膜蛋白, 具有3个功能部分:与血红素相连的Per-ARNT-Sim(PAS)端, 中间的Gly-Gly-Asp-Glu-Phe(GGDEF)结构域, 具有磷酸酶或磷酸二酯酶活性的DHH/DHHA1结构域[23]。该蛋白质又被称为包含PDE的GGDEF结构域蛋白质(GGDEF domain protein containing PDE, GdpP)[12]。PAS端是一个潜在的配体结合位点[24]; GGDEF结构域不具有c-di-GMP和c-di-AMP环化酶活性; 分解c-di-AMP的主要结构域是DHH/DHHA1, 其可将c-di-AMP分解为pApA[23]。枯草芽孢杆菌gdpP敲除菌株产孢早期体内c-di-AMP水平可增长4倍[6], 金黄色葡萄球菌gdpP敲除菌株胞内c-di-AMP水平可增长约13倍[12]。荧光显微镜观察枯草芽孢杆菌发现, YybT-GFP水平在DisA缺陷株中减少, 在产孢阶段和外源性DNA损伤剂处理时增加, YybT超表达菌株c-di-AMP含量显著较少, 提示YybT可调节c-di-AMP水平, 与DNA完整性存在一定相关性[6]

3 c-di-AMP受体
3.1 TetR家族转录调节因子DarR

DarR是耻垢分枝杆菌(Mycobacterium smeg-matis)TetR家族的一个转录调节因子, 已被证实为c-di-AMP的首个受体[25]。DarR具有类似TetR的螺旋-转折-螺旋(helix-turn-helix)N端和类似QacR的C端, 可抑制中链脂酰辅酶A连接酶和一个主要转运蛋白家族的表达, 还可抑制编码冷休克蛋白A(cold shock protein A, CSPA)基因的转录。敲除耻垢分枝杆菌darR基因, 细胞体积增大; 过表达darR对细菌有毒害作用, 可引起菌体内脂肪酸合成量显著降低[25]。体外研究发现, 在c-di-AMP作用下, DarR结合DNA的能力增强。DarR受体的发现揭示了c-di-AMP在冷刺激和脂肪酸合成及转运中的作用[25]

3.2 具有RCK_C结构域的蛋白质KtrA和CpaA

金黄色葡萄球菌KtrA是Ktr型钾运输系统的一种细胞质门控蛋白质, 是第二种被证实的c-di-AMP的受体[26]。与DarR相比, KtrA与c-di-AMP的亲和力更高。Ktr是钾电导调节家族的成员, 由N端结构域RCK_N和C端结构域RCK_C组成。N端可结合核酸分子, 包括ATP、ADP、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nicotinamide adenine dinucleotide, NAD)的氧化型(NAD+)以及还原型(NADH)等; C端则具有c-di-AMP结合活性[26]。在低钾环境中, 金黄色葡萄球菌KtrA对细菌生长具有重要作用。gdpP突变株对盐压力特别敏感, 与ktrA突变株类似, 在高渗环境中生长需要高水平的钾离子[15, 26]

阳离子质子逆向转运蛋白A(cation proton antiporter A, CpaA)是被发现的第三种c-di-AMP受体[26]。CpaA的RCK_C结构域与KtrA相似性较低, 但是结构同源模型提示其具有大致相同的折叠倍数。CpaA也是一种假想的离子运输蛋白, 在细胞内钠钾离子交换中可能发挥重要作用。

3.3 组氨酸激酶KdpD

KdpD是一种组氨酸激酶, 在多种细菌中与KdpE一起调节Ⅱ 型钾离子摄入系统的表达, 在钾离子平衡中发挥重要作用。与Ktr系统不同, Kdp系统可以依赖ATP, 在大肠埃希菌中此系统由KdpFABC组成[27]。KdpD不含RCK_C和QacR结构域, 与c-di-AMP相互作用的蛋白质结构还需要进一步确认[26]

3.4 类似PⅡ 的信号转导蛋白PstA

在金黄色葡萄球菌中, 全基因组测序发现了一种信号转导蛋白PstA[26, 28]。此为一种含DUF970的细胞质蛋白质, 此特征结构与PⅡ 类似。PⅡ 可通过感应谷氨酰胺和酮戊二酸水平来应对细胞碳氮环境[29]。因此, PstA在金黄色葡萄球菌氮调节中可能发挥重要作用, 但两者之间的具体关系以及c-di-AMP对PstA氮调节作用的影响还需进一步研究。

4 c-di-AMP的生理功能
4.1 调控细菌生长

枯草芽孢杆菌在产孢过程中, 当染色体完整时, DisA松弛地黏附在DNA上, 沿着染色体移动, 合成c-di-AMP, 启动产孢的发生; 当染色体损伤时, DisA停留于损伤处, 与分支DNA紧紧相连, 且其核苷酸环化酶活性受到抑制, 产孢过程受到延迟[30]。Oppenheimer-Shaanan等[6]运用荧光显微镜发现, disA缺陷株的产孢活性下降; 加入外源性c-di-AMP后, 产孢活性显著增加, 而加入外源性c-di-GMP对产孢活性无明显影响。运用高效液相色谱和质谱检测发现, 枯草芽孢杆菌产孢初始阶段细胞内c-di-AMP浓度显著上升, 将产孢细胞暴露于DNA损伤剂萘啶酮酸或丝裂霉素C后, 细胞内c-di-AMP水平整体下降[6], 证明c-di-AMP作为第二信使分子, 与产孢过程DNA完整性密切相关。

4.2 与细胞壁稳定性和细菌生长相关

Luo等[7]发现, 枯草芽孢杆菌的细胞质外功能(extracytoplasmic function, ECF)σ 因子对许多细胞壁活性抗生素(包括几种β -内酰胺类抗生素)具有耐药作用, 其中σ M是耐受头孢呋辛的主要因子, 可激活disA转录。过表达gdpP后, c-di-AMP 水平降低, 细菌对β -内酰胺类抗生素耐药性降低[31]。枯草芽孢杆菌disAybbP双突变株和disAybbPyojJ三突变株可导致细胞溶解死亡, 而disAyojJybbPyojJ双突变株可获得, 且ybbP单突变株对β -内酰胺类抗生素的耐药性低于其他两种突变株, 说明DisA和YbbP是细菌生长的必需蛋白质, 体现了c-di-AMP在细胞壁肽聚糖平衡中的重要性[7]。Mehne等[20]发现, 过表达DAC或者gdpP敲除株导致过量c-di-AMP, 可抑制枯草芽孢杆菌生长, 并使对数生长期的细菌变成异常弯曲状, 这种变化可通过加入外源性的镁离子而得到部分恢复, 说明c-di-AMP水平增加可导致肽聚糖合成受限。

金黄色葡萄球菌c-di-AMP 具有抵抗细胞壁压力的作用。gdpPyybT)缺陷株可抑制细胞壁因缺乏脂磷壁酸引起的细胞死亡, 增强肽聚糖的交叉联合, 抑制自溶素表达[12]。c-di-AMP水平升高使细菌对细胞壁活性抗生素(如青霉素、万古霉素等)的耐药性增强[12, 32], 还可导致细胞体积变小[12]。Corrigan等[12]发现, gdpP突变株细胞体积减小了13%~22% , 加入外源性GdpP, 体积可恢复至原来大小。

4.3 刺激宿主免疫系统

多位研究者发现, 单核增生李斯特菌c-di-AMP可激活宿主免疫反应。该菌是一种食物来源革兰阳性病原菌, 可导致新生儿、免疫缺陷者和孕妇发病甚至死亡。该菌主要通过激活宿主免疫反应致病, 而这种宿主反应的诱导依赖于多药外排泵(multidrug efflux pump, MDR)系统, 主要是MdrM和MdrT。过表达MDR后, 该菌分泌的c-di-AMP水平增加, 宿主细胞识别此第二信使后刺激干扰素(interferon, IFN)-β 产生, 激活宿主免疫反应; 过表达lmo2120基因(编码DacA), 宿主固有免疫反应显著增强[10, 11]。另外, 金黄色葡萄球菌DacA负责产生c-di-AMP。通过细菌自溶反应, 30%~50% c-di-AMP分泌到细胞外, 诱导巨噬细胞Ⅰ 型IFN表达, 促进自身生长, 最终促进巨噬细胞抗炎反应[33]

4.4 其他作用

c-di-AMP可促进黏附素的产生, 利于生物膜形成。Corrigan等[12]运用结晶紫染色发现, 在相同培养条件下, 金黄色葡萄球菌gdpP突变株形成生物膜的能力是野生型的3倍。但近期研究[34]发现, 过量c-di-AMP可抑制枯草芽孢杆菌生物膜形成。Smith等[16]发现, 乳酸乳球菌llmg_1816(编码GdpP家族的一个膜连接压力信号蛋白)自发突变株或插入失活突变株均表现出热耐受性和盐敏感性, 对青霉素G的耐药性也增强, 说明c-di-AMP在细菌应答热刺激和渗透压方面也可发挥一定调控作用。学者[23, 35, 36]还发现c-di-AMP可抵抗其他各种压力刺激, 如酸应激和氧应激等。

5 总结与展望

c-di-AMP是细菌和支原体中广泛存在的第二信使分子, 与产孢过程DNA完整性相关, 与细菌肽聚糖合成及细胞生长相关, 在细菌应答各种外界环境刺激反应中也可发挥一定调控作用, 还能刺激宿主免疫反应(图3)。c-di-AMP虽然是小分子, 却可调控菌体内多种分子活性, 通过各种机制改变信号通路, 导致细菌活动发生全局性变化。c-di-AMP在抗毒性和抗压力中的潜在角色以及编码核苷酸环化酶基因在胞内病原体中的重要性, 说明c-di-AMP信号通路可能是抗菌治疗重要靶点。但目前对c-di-AMP的研究比较局限, 仅在少数细菌中探究了其部分功能, 具体调控机制仍不清楚, 需要进一步深入研究。

图 3 c-di-AMP信号系统Fig 3 The c-di-AMP signal system

生物信息学分析发现口腔常见细菌基因组存在编码c-di-AMP合成酶的基因(表1)。

表 1 含有DisA_N结构域蛋白质的常见口腔细菌 Tab 1 The common oral bacteria which possess the DisA_N domains

纵观c-di-AMP在其他细菌中的生物活性, 推测其在口腔细菌信号传递、生物膜形成、产酸耐酸、与宿主免疫系统相互作用以及应答外界各种胁迫刺激等方面可发挥重要作用。笔者所在课题组[37, 38, 39]的研究发现, 在变异链球菌中c-di-AMP参与调控细菌形态、氧应激反应、生物膜形成及致龋毒力, 并已成功克隆并表达、纯化了牙龈卟啉单胞菌c-di-AMP代谢相关蛋白质, 为进一步探究c-di-AMP在牙周致病菌的调控作用奠定了基础。总之, 以c-di-AMP入手, 从第二信使分子角度探索口腔细菌致病机制, 为口腔感染性疾病防治新技术提供候选药物靶标势在必行。

The authors have declared that no competing interests exist.

参考文献
[1] Witte G, Hartung S, Büttner K, et al. Structural bio-chemistry of a bacterial checkpoint protein reveals diadenylate cyclase activity regulated by DNA recombination intermediates[J]. Mol Cell, 2008, 30(2): 167-178. [本文引用:4]
[2] Jenny HC-Y, Don D, Oger J. Synthesis and physical characterization of bis 3’→5’ cyclic dinucleotides (NpNp): RNA polymerase inhibitors[J]. Nucleos Nucleot, 1985, 4(3): 377-389. [本文引用:1]
[3] Bejerano-Sagie M, Oppenheimer-Shaanan Y, Berla-tzky I, et al. A checkpoint protein that scans the chromosome for damage at the start of sporulation in Bacillus subtilis[J]. Cell, 2006, 125(4): 679-690. [本文引用:1]
[4] Römling U. Great times for small molecules: c-di-AMP, a second messenger cand idate in Bacteria and Archaea[J]. Sci Signal, 2008, 1(33): pe39. [本文引用:2]
[5] Punta M, Coggill PC, Eberhardt RY, et al. The Pfam protein families database[J]. Nucleic Acids Res, 2012, 40(Database issue): D290-D301. [本文引用:1]
[6] Oppenheimer-Shaanan Y, Wexselblatt E, Katzhendler J, et al. c-di-AMP reports DNA integrity during sporulation in Bacillus subtilis[J]. EMBO Rep, 2011, 12(6): 594-601. [本文引用:6]
[7] Luo Y, Helmann JD. Analysis of the role of Bacillus subtilis σ(M) in β-lactam resistance reveals an essen-tial role for c-di-AMP in peptidoglycan homeostasis[J]. Mol Microbiol, 2012, 83(3): 623-639. [本文引用:4]
[8] Mehne FM, Schröder-Tittmann K, Eijland er RT, et al. Control of the diadenylate cyclase CdaS in Baci- llus subtilis: an autoinhibitory domain limits cyclic di-AMP production[J]. J Biol Chem, 2014, 289(30): 21098-21107. [本文引用:1]
[9] Woodward JJ, Iavarone AT, Portnoy DA. c-di-AMP secreted by intracellular Listeria monocytogenes activates a host typeⅠinterferon response[J]. Science, 2010, 328(5986): 1703-1705. [本文引用:1]
[10] Schwartz KT, Carleton JD, Quillin SJ, et al. Hy-perinduction of host beta interferon by a Listeria monocytogenes strain naturally overexpressing the multidrug efflux pump MdrT[J]. Infect Immun, 2012, 80(4): 1537-1545. [本文引用:2]
[11] Whiteley AT, Garelis NE, Peterson BN, et al. c-di-AMP modulates Listeria monocytogenes central metabolism to regulate growth, antibiotic resistance and osmoregulation[J]. Mol Microbiol, 2017, 104(2): 212-233. [本文引用:2]
[12] Corrigan RM, Abbott JC, Burhenne H, et al. c-di-AMP is a new second messenger in Staphylococcus aureus with a role in controlling cell size and enve-lope stress[J]. PLoS Pathog, 2011, 7(9): e1002217. [本文引用:9]
[13] Kamegaya T, Kuroda K, Hayakawa Y. Identification of a Streptococcus pyogenes SF370 gene involved in production of c-di-AMP[J]. Nagoya J Med Sci, 2011, 73(1/2): 49-57. [本文引用:1]
[14] Bai Y, Yang J, Zhou X, et al. Mycobacterium tube-rculosis Rv3586(DacA) is a diadenylate cyclase that converts ATP or ADP into c-di-AMP[J]. PLoS One, 2012, 7(4): e35206. [本文引用:3]
[15] Yang J, Bai Y, Zhang Y, et al. Deletion of the cyclic di-AMP phosphodiesterase gene(cnpB) in Mycobac-terium tuberculosis leads to reduced virulence in a mouse model of infection[J]. Mol Microbiol, 2014, 93(1): 65-79. [本文引用:2]
[16] Smith WM, Pham TH, Lei L, et al. Heat resistance and salt hypersensitivity in Lactococcus lactis due to spontaneous mutation of llmg_1816(gdpP) induced by high-temperature growth[J]. Appl Environ Micro-biol, 2012, 78(21): 7753-7759. [本文引用:2]
[17] Ye M, Zhang JJ, Fang X, et al. DhhP, a cyclic di-AMP phosphodiesterase of Borrelia burgdorferi, is essential for cell growth and virulence[J]. Infect Im-mun, 2014, 82(5): 1840-1849. [本文引用:1]
[18] Jervis AJ, Thackray PD, Houston CW, et al. SigM-responsive genes of Bacillus subtilis and their pro-moters[J]. J Bacteriol, 2007, 189(12): 4534-4538. [本文引用:1]
[19] Cao M, Kobel PA, Morshedi MM, et al. Defining the Bacillus subtilis sigma(W) regulon: a comparative analysis of promoter consensus search, run-off transcription/macroarray analysis(ROMA), and transcriptional profiling approaches[J]. J Mol Biol, 2002, 316(3): 443-457. [本文引用:1]
[20] Mehne FM, Gunka K, Eilers H, et al. Cyclic di-AMP homeostasis in Bacillus subtilis: both lack and high level accumulation of the nucleotide are detrimental for cell growth[J]. J Biol Chem, 2013, 288(3): 2004-2017. [本文引用:3]
[21] Burhenne H, Kaever V. Quantification of cyclic dinucleotides by reversed-phase LC-MS/MS[J]. Me-thods Mol Biol, 2013, 1016: 27-37. [本文引用:1]
[22] Zheng C, Wang J, Luo Y, et al. Highly efficient enzymatic preparation of c-di-AMP using the dia-denylate cyclase DisA from Bacillus thuringiensis[J]. Enzyme Microb Technol, 2013, 52(6/7): 319-324. [本文引用:1]
[23] Rao F, See RY, Zhang D, et al. YybT is a signaling protein that contains a cyclic dinucleotide phospho-diesterase domain and a GGDEF domain with ATPase activity[J]. J Biol Chem, 2010, 285(1): 473-482. [本文引用:3]
[24] Tan E, Rao F, Pasunooti S, et al. Solution structure of the PAS domain of a thermophilic YybT protein homolog reveals a potential ligand -binding site[J]. J Biol Chem, 2013, 288(17): 11949-11959. [本文引用:1]
[25] Zhang L, Li W, He ZG. DarR, a TetR-like transcrip-tional factor, is a cyclic di-AMP-responsive repressor in Mycobacterium smegmatis[J]. J Biol Chem, 2013, 288(5): 3085-3096. [本文引用:3]
[26] Corrigan RM, Campeotto I, Jeganathan T, et al. Systematic identification of conserved bacterial c-di-AMP receptor proteins[J]. Proc Natl Acad Sci U S A, 2013, 110(22): 9084-9089. [本文引用:6]
[27] Epstein W. The roles and regulation of potassium in bacteria[J]. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol, 2003, 7: 293-320. [本文引用:1]
[28] Müller M, Hopfner KP, Witte G. c-di-AMP reco-gnition by Staphylococcus aureus PstA[J]. FEBS Lett, 2015, 589(1): 45-51. [本文引用:1]
[29] Ninfa AJ, Atkinson MR. PⅡ signal transduction proteins[J]. Trends Microbiol, 2000, 8(4): 172-179. [本文引用:1]
[30] Boye E. DisA, a busy bee that monitors chromosome integrity[J]. Cell, 2006, 125(4): 641-643. [本文引用:1]
[31] Eiamphungporn W, Helmann JD. The Bacillus sub- tilis sigma(M) regulon and its contribution to cell envelope stress responses[J]. Mol Microbiol, 2008, 67(4): 830-848. [本文引用:1]
[32] Wang X, Davlieva M, Reyes J, et al. A novel pho-sphodiesterase of the GdpP family modulates cyclic di-AMP levels in response to cell membrane stress in daptomycin-resistant enterococci[J]. Antimicrob Agents Chemother, 2017, 61(3): e01422-16. [本文引用:1]
[33] Gries CM, Bruger EL, Moormeier DE, et al. Cyclic di-AMP released from Staphylococcus aureusbiofilm induces a macrophage typeⅠinterferon response[J]. Infect Immun, 2016, 84(12): 3564-3574. [本文引用:1]
[34] Gundlach J, Rath H, Herzberg C, et al. Second mes-senger signaling in Bacillus subtilis: accumulation of cyclic di-AMP inhibits biofilm formation[J]. Front Microbiol, 2016, 7: 804. [本文引用:1]
[35] Thibessard A, Borges F, Fernand ez A, et al. Identi-fication of Streptococcus thermophilus CNRZ368 genes involved in defense against superoxide stress[J]. Appl Environ Microbiol, 2004, 70(4): 2220-2229. [本文引用:1]
[36] Bowman L, Zeden MS, Schuster CF, et al. New insights into the cyclic di-adenosine monophosphate (c-di-AMP) degradation pathway and the require-ment of the cyclic dinucleotide for acid stress resis-tance in Staphylococcus aureus[J]. J Biol Chem, 2016, 291(53): 26970-26986. [本文引用:1]
[37] Cheng X, Zheng X, Zhou X, et al. Regulation of oxidative response and extracellular polysaccharide synthesis by a diadenylate cyclase in Streptococcus mutans[J]. Environ Microbiol, 2016, 18(3): 904-922. [本文引用:1]
[38] Peng X, Zhang Y, Bai G, et al. Cyclic di-AMP me-diates biofilm formation[J]. Mol Microbiol, 2016, 99(5): 945-959. [本文引用:1]
[39] 邱伟, 程兴群, 周学东, . 牙龈卟啉单胞菌c-di-AMP代谢相关基因的克隆及表达纯化[J]. 华西口腔医学杂志, 2015, 33(6): 607-612.
Qiu W, Cheng XQ, Zhou XD, et al. Cloning, expres-sion, and purification of c-di-AMP metabolism-related genes from Porphyromonas gingivalis[J]. West Chin J Stomatol, 2015, 33(6): 607-612. [本文引用:1]